澳大利亞國立大學(xué)Gaetan Burgio博士公布的實(shí)驗(yàn)結(jié)果Sanger測序圖。該圖看起來很混亂,但仔細(xì)觀察可以發(fā)現(xiàn),每一個堿基的峰圖,后面都跟著一個滯后的峰,如下圖所示,我們用與堿基相同顏色的箭頭標(biāo)出了峰的位移,這實(shí)際上是移碼突變造成的。我們在一個誘變/恢復(fù)試驗(yàn)中,將發(fā)生移碼突變的片段和野生型的片段的混合物進(jìn)行Sanger測序,就會出現(xiàn)類似的峰圖。
因此事實(shí)上,Burgio博士的實(shí)驗(yàn)中,目的基因發(fā)生了移碼突變,造成這種峰圖,可能恰恰證實(shí)了NgAgo有效。不過似乎NgAgo切割基因組的效率并不高,造成了多種移碼型的混合物。眾所周知,基因編輯技術(shù)的主要作用之一,就是在基因中造成移碼突變,使其失去功能.
Burgio博士說他們所用的引物已經(jīng)過驗(yàn)證,是特異性的,那么,如果NgAgo無效,實(shí)驗(yàn)中除了目的基因的完整片段以外,不會出現(xiàn)任何額外條帶,更不會出現(xiàn)移碼現(xiàn)象。
那么出現(xiàn)的那些額外條帶,為什么經(jīng)過Sanger測序,序列是非特性的呢?我估計是因?yàn)樗麄冊O(shè)計的guider ssDNA的序列特異性不好導(dǎo)致的。他們的guider序列,應(yīng)該就是之前CRISP/CAS9實(shí)驗(yàn)所用的guider,但CRISP/CAS9識別序列必須包含PAM序列,所以對序列特異性的要求沒有那么高,而NgAgo方法采用ssDNA作為guider,沒有PAM序列的限制,但同時對guider序列的特異性要求就高了。如果guider序列的特異性不夠,肯定會對基因組序列亂切。
打個比方,這就像用google查找一個詞“韓春雨”,找到的一定是“韓春雨”,但是如果你只輸入“春雨”,那么出來的就不一定是“韓春雨”,還有“春雨貴如油”,“春雨醫(yī)生”,...,等等。
一種新技術(shù)在誕生之際,一般都存在很多問題。如果韓春雨沒有造假, 那么NgAgo技術(shù)作為一種新技術(shù),前途是光明的,但無疑需要針對不同的生物、細(xì)胞和基因序列,進(jìn)行設(shè)計、實(shí)驗(yàn)條件優(yōu)化,提高基因組切割和編輯效率。