氣相毛細(xì)管柱是擔(dān)負(fù)氣相分離作用的核心，是氣相毛細(xì)管柱系統(tǒng)的心臟。要選擇一根合適的商用毛細(xì)管柱，主要需要考慮以下幾個(gè)因素：固定相、內(nèi)徑、柱長度和液膜厚度。
1、固定相

對于一個(gè)樣品的分析，可采用帶有固定相的毛細(xì)管柱或填充柱。單一樣品分析采用填充柱，經(jīng)濟(jì)、快速、柱負(fù)載高、抗污染，適合企業(yè)生產(chǎn)時(shí)單機(jī)、單一項(xiàng)目檢測。而多殘留分析或多項(xiàng)目分析更推薦采用毛細(xì)管柱，因?yàn)槊?xì)管色譜柱適用性和分辨率更好，不像應(yīng)用填充柱分析時(shí)那么專一、嚴(yán)格，例如：多數(shù)在100％二甲基硅氧烷固定相上可以進(jìn)行分析的物質(zhì)，在5％二苯基＋95％二甲基硅氧烷固定相上同樣可以進(jìn)行分析。

非極性固定相具有更好的抗氧化性、更高的效率和更高的極限操作溫度（可高達(dá)360℃），所以，在可以完成所需分離的情況下，盡可能選擇固定相極性弱的色譜柱，這樣可以延長色譜柱的壽命。分析強(qiáng)極性物質(zhì)，如：酸、醛、醇、胺等，為獲得較好分離，需選用極性較強(qiáng)的固定相。有時(shí)為了縮短分析時(shí)間，也選用與被測物極性相反的固定相。

在一個(gè)色譜分離過程中，溶質(zhì)與固定相之間存在多種相互作用，因此，固定相的選擇很大程度上取決于溶質(zhì)的性質(zhì)。

在進(jìn)行樣品分析以前，建議先閱讀相關(guān)的應(yīng)用文獻(xiàn)推薦的色譜柱型號，或者查閱各公司的色譜耗材毛細(xì)柱目錄，從中獲得不同固定相應(yīng)用分析的化合物種類的相關(guān)信息。這對被測物有效分離選擇色譜柱很有用。
2、內(nèi)徑

在一系列石英毛細(xì)管色譜柱中有5種內(nèi)徑較為常用。每種都有其特定的應(yīng)用領(lǐng)域和適合的使用范圍。

0.53mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱。0.53mm內(nèi)徑的色譜柱樣品容量很大，可與填充柱相比，進(jìn)樣理想方式是直接在高載氣流速下注入，從而減少連接體系的死體積，減少色譜峰的拖尾。0.53mm內(nèi)徑柱還可以配合特殊進(jìn)樣口裝置，如：柱上進(jìn)樣或冷柱頭進(jìn)樣裝置，使用0.47mm外徑針頭的微量注射器進(jìn)行柱頭或冷柱頭進(jìn)樣。

0.53mm內(nèi)徑柱的毛細(xì)管柱相當(dāng)于由填充柱到毛細(xì)管柱的簡單升級，可以自己動(dòng)手對連接接頭進(jìn)行改造。相對簡單的樣品在分析時(shí)可得到比填充柱要好得多的效果，而不像常規(guī)0.25mm和0.32mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱需要專用的連接裝置。

0.32mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱。0.32mm內(nèi)徑柱被認(rèn)為是全能色譜柱，具有很好的分離能力、樣品容量(取決于膜厚度)。而且彈性較0.53mm內(nèi)徑的好，更易安裝，是色譜分析中選用最多的一種規(guī)格。這種色譜柱也可進(jìn)行柱頭進(jìn)樣，但需要特殊的注射器。

0.25mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱。0.25mm（早期多為0.22mm）內(nèi)徑柱具有低流失量、高分辨率的特性，也是很常用的。氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀多采用此規(guī)格柱，通常在規(guī)格后標(biāo)有ms字符，如表1中的DB 5 ms。

0.15mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱。0.15mm內(nèi)徑是常規(guī)氣相色譜儀中50m柱的最小內(nèi)徑。就功效而言，它具有高分辨率，用于分析復(fù)雜化合物和寬沸程樣品很理想。

0.10mm內(nèi)徑毛細(xì)管柱。0.10mm內(nèi)徑柱只在更短柱長及很高分析速度下進(jìn)行應(yīng)用，常用于快速色譜分析。由于柱內(nèi)徑較小，所以色譜柱的負(fù)載能力也就比較小，只能夠容納較少的樣品，使用時(shí)要注意進(jìn)樣量，以保證形成尖銳的色譜峰。 
3、膜厚度

膜的厚度對所分析化合物的溶解性有比較大影響，因此，正確選擇膜的厚度與正確選擇柱長同樣重要。

相比率是表示色譜柱固定相多少的一種方式，相比率是指毛細(xì)管柱的內(nèi)部體積與固定相的體積比。

相比率( )用公式可表示為：

 = D／4 f

式中D = 柱內(nèi)徑(微米)

f = 固定相厚度

較高的相比率色譜柱內(nèi)固定相較少，較低的相比率則固定相較多。一般較厚的膜(低相比率)相對流失要大些，使用時(shí)注意溫度盡可能低些，而且這類色譜柱不適合用于氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀分析。較厚的膜柱容量也較大。使用較厚的膜，樣品就會在柱中停留較長時(shí)間，分離度較高，特別適合分析低沸點(diǎn)或氣體化合物。若樣品中含高沸點(diǎn)組分，將這些組分洗脫將需要很高的溫度，因此此時(shí)不宜用厚膜。

薄膜(高相比率)適于分析高沸點(diǎn)組分，而且由于膜薄，被測物在柱內(nèi)停留的時(shí)間較短，在較低溫度下洗脫特定組分，從而延長柱壽命。達(dá)到或接近最大柱溫時(shí)，流失率也會較厚膜低得多，所以更適合用于氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀分析。

 
4、柱長

大多數(shù)柱長是15m、30m（過去為12m、25m）和50m的。柱長選擇是由樣品復(fù)雜度或組分的屬性決定的。分析復(fù)雜的樣品或者需要分析多個(gè)項(xiàng)目，應(yīng)選用較長及更高效的色譜柱。需要分離少數(shù)幾個(gè)組分時(shí)，為了提高分析效率選擇具有適宜特性及/或膜厚度的適當(dāng)短的色譜柱。