在過去的十年見證多色熒光顯微鏡應(yīng)用的急劇增加，部分原因，儀器和檢測器的設(shè)計以及引入一個新的熒光團(tuán)繁多，包括合成材料和量子點的顯著進(jìn)步。此外，活細(xì)胞成像已經(jīng)越來越有用，覆蓋了整個可見光譜區(qū)域的基因編碼的熒光蛋白質(zhì)的推出徹底改變了。在使用固定和活細(xì)胞和組織的多個熒光標(biāo)記的主要優(yōu)點是觀察能力的空間關(guān)系和亞細(xì)胞成分的時空動態(tài)，并監(jiān)督不同的標(biāo)記實體之間的潛在分子間的相互作用。一些先進(jìn)的顯微鏡技術(shù)已應(yīng)用于使用多種顏色的熒光標(biāo)記，包括熒光漂白后恢復(fù)（FRAP），熒光相關(guān)光譜（FCS），熒光（福斯特）共振能量轉(zhuǎn)移（FRET），熒光原位雜交技術(shù)（FISH ）和熒光壽命成像（FLIM）。這些方法中有許多好處顯著能夠使用專門針對熒光蛋白在活細(xì)胞成像實驗。