在過去的十年見證多色熒光顯微鏡應(yīng)用的急劇增加，部分原因，儀器和檢測器的設(shè)計以及引入一個新的熒光團繁多，包括合成材料和量子點的顯著進步。此外，活細胞成像已經(jīng)越來越有用，覆蓋了整個可見光譜區(qū)域的基因編碼的熒光蛋白質(zhì)的推出徹底改變了。在使用固定和活細胞和組織的多個熒光標(biāo)記的主要優(yōu)點是觀察能力的空間關(guān)系和亞細胞成分的時空動態(tài)，并監(jiān)督不同的標(biāo)記實體之間的潛在分子間的相互作用。一些先進的顯微鏡技術(shù)已應(yīng)用于使用多種顏色的熒光標(biāo)記，包括熒光漂白后恢復(fù)（FRAP），熒光相關(guān)光譜（FCS），熒光（福斯特）共振能量轉(zhuǎn)移（FRET），熒光原位雜交技術(shù)（FISH ）和熒光壽命成像（FLIM）。這些方法中有許多好處顯著能夠使用專門針對熒光蛋白在活細胞成像實驗。