電泳是一個(gè)很基礎(chǔ)的實(shí)驗(yàn)，電泳圖譜是通過(guò)電泳將一個(gè)混合物樣品(如血清)在支持介質(zhì)上分成區(qū)帶。但須將電泳條經(jīng)過(guò)染色，使區(qū)帶顯示出來(lái)而得電泳圖譜。還可以進(jìn)一步在光密度計(jì)上進(jìn)行掃描而獲得記錄圖譜。跑電泳看似簡(jiǎn)單，做塊膠，上個(gè)樣，插上電源，其實(shí)遠(yuǎn)沒(méi)有這么簡(jiǎn)單。下面就給大家介紹下跑電泳及電泳圖譜繪制容易遇到的一些問(wèn)題和解決辦法。

所謂“工欲善其事，必先利其器”，能否做一塊好的瓊脂糖凝膠，直接影響到后面的電泳和結(jié)果的分析。電泳的時(shí)候，會(huì)出現(xiàn)各種各樣奇怪的圖，給大家展示一下：

從圖一上看，DNA電泳時(shí)，DNA條帶好像遇到阻礙而發(fā)生了扭曲；圖二中DNA亮帶雖沒(méi)有發(fā)生扭曲，但是卻出現(xiàn)了雜斑亮帶。這是因?yàn)樵谥颇z時(shí)帶入了其它雜質(zhì)，形成了障礙物，使得DNA條帶電泳時(shí)受到阻礙無(wú)法繼續(xù)電泳，從而形成扭曲帶（如圖一）；或者是制膠時(shí)溶膠不完全以致瓊脂糖顆粒殘留，形成一些濃度較高的凝膠區(qū)域，在DNA電泳經(jīng)過(guò)這些區(qū)域時(shí)，部分DNA被阻礙在這里而形成不規(guī)則亮帶（如圖二）。

“工欲善其事，必先利其器”，能否做一塊好的瓊脂糖凝膠，直接影響到后面電泳和結(jié)果的分析。制膠前，給大家的建議是：

1. 在制膠時(shí)必須將制膠模具、梳子以及燒杯等物品洗凈，以免干膠及其他雜質(zhì)帶入；

2. 在溶膠時(shí)應(yīng)觀察溶液中是否有未溶解的瓊脂糖顆粒，確保溶膠完全；

3. 在溶液倒入制膠模具前必須充分混勻，以免制出來(lái)的膠出現(xiàn)不均勻的現(xiàn)象。

除了以上這種低級(jí)問(wèn)題，還有一個(gè)容易忽略的問(wèn)題，那就是凝膠的濃度。建議長(zhǎng)片段的DNA選用低濃度的凝膠電泳，短片段的DNA則選用高濃度的凝膠電泳。比如：

以上這兩幅電泳圖是用相同的DNA Ladder、上樣量、電泳電壓并且跑了一樣長(zhǎng)的時(shí)間時(shí)，小新的內(nèi)心是崩潰的?。?！為啥差別非常明顯？哪里不一樣呢？就是由于采用了不同濃度的凝膠電泳而導(dǎo)致的。那怎么選擇合適濃度的瓊脂糖凝膠呢？簡(jiǎn)而言之，長(zhǎng)片段的DNA選用低濃度的凝膠電泳，短片段的DNA則選用高濃度的凝膠電泳--具體參考方案參考下表：

要想電泳跑出可見(jiàn)條帶的話，至少需要上樣50 ng，但是0.5 cm寬的梳子最好不超過(guò)0.5μg的DNA量，因?yàn)樯蠘恿窟^(guò)多會(huì)造成加樣孔超載，從而導(dǎo)致拖尾或彌散，對(duì)于較長(zhǎng)的DNA此現(xiàn)象更為明顯。另外，加樣量的多少還應(yīng)依據(jù)加樣孔的大小及DNA片段的長(zhǎng)度而定，當(dāng)加樣孔大時(shí)，樣品上樣量應(yīng)相應(yīng)加大。

通常情況下電壓越低，走出的電泳條帶越平整。低電壓電泳時(shí)，電泳緩沖液也不容易發(fā)燙，也能確保在電泳的過(guò)程中凝膠不會(huì)變形。當(dāng)然電壓太低，等待電泳結(jié)果的時(shí)間就會(huì)延長(zhǎng)，綜合考慮，一般控制電泳電壓≤5V/cm，即可保證電泳條帶的清晰度。

圖七和圖八是同一樣本跑出的圖，但是出來(lái)的效果差別非常大，主要是因?yàn)殡娪緯r(shí)的電壓不同。電泳圖七由于電泳的電壓過(guò)大，導(dǎo)致電泳條帶都扭曲變形了(當(dāng)實(shí)驗(yàn)使用GoldView Ⅱ型核酸染色劑時(shí)差別更明顯）。通常情況下電壓越低，走出的電泳條帶越平整。低電壓電泳時(shí)，電泳緩沖液也不容易發(fā)燙，也能確保在電泳的過(guò)程中凝膠不會(huì)變形。當(dāng)然電壓太低，等待電泳結(jié)果的時(shí)間就會(huì)延長(zhǎng)，綜合考慮，一般控制電泳電壓≤5V/cm，即可保證電泳條帶的清晰度。

最后的這兩幅圖是同一塊凝膠在電泳的不同時(shí)間段拍攝的電泳圖。大家有沒(méi)有覺(jué)得圖九的電泳條帶還行呢，有主帶，雖然有彌散、拖尾條帶，但是主帶還是很亮的。如果只是看有沒(méi)有核酸的話，差不多就蒙混過(guò)去了，但是如果你是想看DNA狀態(tài)或者是分離不同長(zhǎng)度片段的DNA，那么必須多跑一會(huì)兒，這樣就有了圖十。圖十可以看出有基因組DNA、質(zhì)粒DNA以及RNA。

為什么差別那么大？這是因?yàn)閳D九電泳的時(shí)間短，不同長(zhǎng)度片段的DNA條帶還未分離，都聚集在一起，所以只能看見(jiàn)DNA含量最高的主帶；而圖十的電泳時(shí)間比較長(zhǎng)，不同長(zhǎng)度片段的DNA條帶已經(jīng)分離，可以清晰看到不同長(zhǎng)度片段的DNA條帶，甚至兩最下方的兩條RNA條帶都被分離開(kāi)了。

當(dāng)然對(duì)于一些片段的DNA，電泳20-30min家常便飯，有的甚至需要更長(zhǎng)的時(shí)間，如果想稍微快一點(diǎn)，可以選用濃度比較稀的凝膠或稍微調(diào)高一點(diǎn)電壓進(jìn)行電泳，但是要有一定的范圍

根據(jù)聚丙烯酰胺凝膠薄片上蛋白質(zhì)電泳帶的粗細(xì)、深淺和遷移率，繪制電泳圖譜，并計(jì)算相似率。

(一)遷移率計(jì)算

遷移率=(起點(diǎn)至蛋白帶的距離/起點(diǎn)至指示劑前沿線的距離)×100%.

其中起點(diǎn)系指加樣一端分離膠的起點(diǎn)線，指示劑前沿線指電泳結(jié)束時(shí)溴酚蘭指示劑在膠板另一端形成的藍(lán)色線。例如，某蛋白帶的遷移距離是3cm，起點(diǎn)至指示劑前沿線距離是10cm，則該蛋白帶的遷移率為0.3。比較兩個(gè)菌株間的相似性時(shí)，遷移率差異小于0.03的兩條蛋白帶被視為相似的蛋白帶。

(二)菌株間的相似率計(jì)算

相似率=(兩菌株相似蛋白帶的數(shù)目/兩菌株蛋白帶的總數(shù))×100%.

例如，兩個(gè)菌株間遷移率相似的蛋白帶有5對(duì)(10條)，兩菌株蛋白帶總數(shù)為15條，則這兩個(gè)菌株的相似率為67。相似率越高，菌株間的相似性越大。通常，同一個(gè)疫霉種菌株間的可溶性菌體蛋白質(zhì)電泳圖譜相似率在75~100之間。

為了提高蛋白質(zhì)電泳結(jié)果的準(zhǔn)確性，每一塊膠板應(yīng)同時(shí)用已知標(biāo)準(zhǔn)菌株與供試菌株一起電泳作為對(duì)照