近日在第15屆美國人類蛋白質(zhì)組學(xué)年會上，布魯克宣布了Evosep One低流速色譜與timsTOF Pro液質(zhì)聯(lián)用系統(tǒng)在高靈敏度、高通量血漿蛋白質(zhì)組學(xué)方面取得的進展。布魯克還重點介紹了PEAKS，Protein Metrics和MaxQuant 4D蛋白質(zhì)組學(xué)軟件的特色，這些軟件支持使用大規(guī)模精確碰撞截面（CCS）值進行常規(guī)采集和信息提取。

timsTOF Pro具有獨特的PASEF功能，可以進行高通量和超高靈敏度采集離子淌度信息，從而實現(xiàn)精確碰撞截面的大規(guī)模計算。在PEAKS Studio軟件采用了新型的4D算法，這使192例膿毒性休克患者血漿樣本中可進行定量的蛋白數(shù)量顯著提高，檢測速度為100個樣本/天。

專家解讀

英國牛津大學(xué)納菲爾德醫(yī)學(xué)部蛋白質(zhì)組學(xué)的項目負責(zé)人Roman Fischer博士說：“TIMS啟用的4D特征匹配功能，可顯著提高微量血漿樣本11.5分鐘LC-MS/MS的定量蛋白數(shù)目。采用短梯度分離100ng血漿肽段，192例患者共定量772個血漿蛋白，其中66%的鑒定蛋白覆蓋了血漿蛋白總質(zhì)量的10%。這表明該方法可以覆蓋足夠的深度來發(fā)現(xiàn)低豐度的生物標記物。timsTOF Pro對蛋白鑒定的深度覆蓋和快速檢測，促進血漿生物標志物的發(fā)現(xiàn)，為分析數(shù)百到數(shù)千個樣本的大樣本群組提供了全新的可能性?！?/p>

布魯克·道爾頓蛋白質(zhì)組學(xué)副總裁Gary Kruppa博士評論說：“實現(xiàn)更高蛋白質(zhì)組學(xué)深度的常見做法是樣品預(yù)分餾。然而，這導(dǎo)致測量時間延長，通常采用多重標記或化學(xué)標記來補償。盡管同位素標記法原則上看起來很有吸引力，但它們會受到定量比率失真的影響，這可能會使低豐度蛋白質(zhì)的定量偏斜或受損。timsTOF Pro獨有的非標定量方法結(jié)合了短LC梯度和4D匹配的高選擇性，提供了一種引人注目的替代方案，可應(yīng)用于高通量蛋白質(zhì)組學(xué)中的數(shù)千個樣品的快速檢測。”

美國HUPO 2019展示的主要新軟件研發(fā)，包括為timsTOF Pro發(fā)布的PEAKS On-line，這是一款可在集群或多CPU計算機上并行化運行的服務(wù)器軟件。與timsTOF Pro采集軟件中新的去噪算法相結(jié)合，可將數(shù)據(jù)文件大小減少5倍至10倍，并且不會出現(xiàn)任何明顯的肽段信息丟失，PEAKS Online的可擴展性能可促進最先進的高通量蛋白質(zhì)組學(xué)實驗的數(shù)據(jù)分析。

Protein Metrics Inc（PMI）還為其Byonic數(shù)據(jù)庫搜索算法添加了肽段CCS支持，該算法被制藥和生物制藥科學(xué)家廣泛接受用于宿主細胞殘留蛋白和其他的生物表征和發(fā)現(xiàn)工作流程。Protein Metrics Inc總裁兼首席執(zhí)行官EricCarlson博士表示：“我們很高興能夠為客戶提供timsTOF Pro和PASEF數(shù)據(jù)的軟件分析。尤其是針對二硫鍵、糖和宿主細胞殘留蛋白的分析等應(yīng)用，將離子淌度和CCS數(shù)據(jù)作為第四維分離的能力，將為蛋白質(zhì)樣品提供更深入的見解，從而推動藥物的發(fā)現(xiàn)和開發(fā)?！?/p>