核磁共振(NMR)在當今有機化合物結構解析中占有舉足輕重的地位。大到復雜天然產(chǎn)物的結構鑒定,小到有機合成產(chǎn)物的結構表征,NMR的身影無處不在。毫不夸張地說,NMR就是有機合成人的眼睛。NMR技術博大精深,每個人掌握的水平也是良莠不齊,可能很多同學對NMR的應用還停留在看看化學位移,數(shù)數(shù)積分數(shù)值的層面上。以ChemDraw結果為標準研判NMR的同學請自行面壁。今天,借用魁北克大學Steven R. LaPlante課題組在Bioorg. Med. Chem. Lett.發(fā)表的文章幫大伙擦亮雙眼,分享一下各種NMR技術在有機化合物結構解析中的應用策略。
作者開篇先舉了兩個藥物研發(fā)領域中結構表征錯誤的例子。2012年,C&EN警告消費者博舒替尼(Bosutinib,1b)的錯誤異構體1a被在市面上出售,而該異構體是沒有活性的。C&EN原文指出這兩個化合物的質譜和元素分析是完全一樣的,雖然兩個化合物氫譜的芳環(huán)信號有所差異,但是如果不將這兩個化合物對比分析很難發(fā)現(xiàn)問題。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
另一個例子則是關于誘導腫瘤細胞凋亡的化合物TIC10。這個化合物于1973年和2013年被兩個不同的公司申請了專利。隨后當Scripps研究所人員在研究這個化合物時發(fā)現(xiàn)他們制備的化合物居然沒有活性。經(jīng)過仔細分析后發(fā)現(xiàn),被兩個公司先后申請專利的化合物2a沒有活性,有活性的化合物是其異構體2b。這個例子也真夠對得起B(yǎng)MCL作者給的這個化合物編號,雖然原文作者不是中國人。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
咱們接下來就按照原文作者的思路學習一下什么情況下該用什么NMR實驗鑒定結構。
區(qū)域異構(Regioisomerism)
有的反應由于不可控性會使得一些官能團以非常規(guī)形式連接到另一分子上從而產(chǎn)生區(qū)域異構體。這種情況下利用常規(guī)的LC-MS和1H NMR是很難進行有效區(qū)分的。這時應用HMQC(HSQC)和HMBC兩種2D-NMR實驗通??梢暂p而易舉地解決這種問題。如下圖所示,作者隨手給了一個應用HMBC鑒定區(qū)域異構體的例子。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
當然,作者也提到了HMBC實驗本身的一些不足,比如會有1JH,C和4JH,C信號的干擾,這有時會影響一些化合物的解析。分享一個我個人的經(jīng)驗吧:1JH,C信號結合HSQC譜很容易分辨,所以也有人管這個信號叫QC殘留信號。對于4JH,C信號,當用核磁軟件讀取原始HMBC數(shù)據(jù)圖時可以通過調(diào)整切面高度,比較信號強度等手段排除4JH,C信號的干擾。
另外,作者認為2D-NMR實驗中的ROESY實驗在判別區(qū)域異構體時也可以作為重要的依據(jù),它可以提供分子內(nèi)空間距離在5埃之內(nèi)的氫原子信息。如下圖所示,作者又舉了一個例子。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
同樣,作者也提到了ROESY實驗的一些缺點,主要是會有一些假信號的干擾。說到這,再跟大伙分享一個自己的實戰(zhàn)經(jīng)驗吧:ROESY實驗確實方便,一下子能獲得分子所有氫原子之間的空間關系。ROESY譜中有相關信號的兩個氫原子位置相近這毋庸置疑,但是ROESY譜中沒有相關信號的兩個氫原子不一定空間距離遠。對于這種有疑問的氫原子需要做1D-NOE差譜來最終給出結論。[此處可以有掌聲]
幾何異構(Geometric Isomerism)
幾何異構體(E/Z)常見于各種含雙鍵化合物當中。通常,大家可以通過雙鍵上兩個氫原子的耦合常數(shù)進行判斷,cis構型的耦合常數(shù)大約在3-13 Hz,trans構型的耦合常數(shù)大約在12-20 Hz?;A知識稍微扎實點的同學都是知道這些考點的??墒?,當雙鍵上的氫原子和其他原子存在耦合時,圖譜變得復雜,耦合常數(shù)很難準確讀出。作者提示咱們,可以嘗試選擇性去耦氫譜讀出耦合常數(shù),具體的例子見下圖,藍色圖譜是選擇性去耦之后的氫譜。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
看完作者舉的圖,我想到一個簡單粗暴方法,換機器唄(混過網(wǎng)吧的同學肯定懂的),400 MHz測的不行就換600 MHz,要不換800 MHz,還有1G的呢,備不住過兩年聽著更像U盤了,2G、4G、8G,神馬都有。
旋轉異構/阻轉異構(Rotamers/Atropisomers)
在某些分子中,一些特殊因素可以限制單鍵的自由旋轉或者環(huán)的自由翻轉,這就產(chǎn)生了旋轉異構體或阻轉異構體。遇到這種情況,作者提供了常見的解決辦法:換溶劑、變溫度以及ROESY。作者以三級酰胺的NMR變溫實驗和ROESY實驗為例介紹了這種旋轉異構體的NMR信號特點。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
N-烷基化和O-烷基化(N- vs. O-Alkylation)
當分子中的氮原子和氧原子都可被烷基化時,我們需要對產(chǎn)物的烷基化位點進行分辨。除去之前提到的ROSEY、HBMC或HSQC實驗可以用于解析烷基化位點以外,碳譜中的化學位移值也可以很容易地鑒定出產(chǎn)物的烷基化位置。這個簡單也常見,咱就不多說了。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
立體化學異構體(Stereoisomerism)
確定手性分子的絕對構型一直以來都是富有挑戰(zhàn)性的。作者也承認X射線單晶衍射技術無疑是最合適的手段,但是ROESY實驗在很大程度上能夠給出化合物的相對立體構型。作者以化合物9為例,利用ROESY譜相關信號的強弱解析了該化合物的相對立體構型。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
文末,作者總結了一個超級實用的表格告訴大家什么情況應該用哪種NMR技術。
圖片來源:Bioorg. Med. Chem. Lett.
絕對的實用干貨,適用于大多數(shù)有機合成初學者,同學們可以多多轉發(fā),拯救更多被NMR困擾的小伙伴們。我們更歡迎各位整日以鑒定結構為業(yè)的植化/天然藥化大牛們也來分享自己的寶貴經(jīng)驗。
最后,本人安利兩本書吧,絕對是學習結構解析的經(jīng)典教材。英語閱讀無障礙,喜歡原汁原味的同學請看原著;能夠接受翻譯版本的同學就看藥明康德分析部譯的這個中文版吧。
圖片來自網(wǎng)絡