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小數(shù)點(diǎn)測序關(guān)鍵技術(shù)的發(fā)展巨著

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放大字體  縮小字體    發(fā)布日期:2021-06-03  來源:儀器網(wǎng)  作者:Mr liao  瀏覽次數(shù):69
核心提示:1992年,Sykes等從非淋巴細(xì)胞和正常體細(xì)胞背景中鑒定突變的白血病細(xì)胞,檢測了復(fù)雜背景下低豐度的IgH重鏈突變基因。該研究中提出了三個(gè)重要的原則:有限稀釋、終點(diǎn)信號(hào)的有或無及對數(shù)據(jù)泊松分布的統(tǒng)計(jì)處理,為以后dPCR的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

1992年,Sykes等從非淋巴細(xì)胞和正常體細(xì)胞背景中鑒定突變的白血病細(xì)胞,檢測了復(fù)雜背景下低豐度的IgH重鏈突變基因。該研究中提出了三個(gè)重要的原則:有限稀釋、終點(diǎn)信號(hào)的有或無及對數(shù)據(jù)泊松分布的統(tǒng)計(jì)處理,為以后dPCR的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

  1997年,有研究利用玻璃毛細(xì)管作為載體進(jìn)行PCR反應(yīng),可以對模板分子進(jìn)行定量,驗(yàn)證了Taq-Man探針可以檢測模板單分子,尤其在微小的反應(yīng)體系中,發(fā)展了單分子定量技術(shù),為dPCR單模板擴(kuò)增提供了技術(shù)支持。

  1999年,Bert Vogelstein和Kenneth W.Kinzler正式提出了dPCR的概念,可以將指數(shù)型函數(shù)轉(zhuǎn)化成線性函數(shù),對模板進(jìn)行有限稀釋,根據(jù)熒光信號(hào)的有或無進(jìn)行精確定量。實(shí)驗(yàn)利用384孔板對樣品進(jìn)行稀釋、擴(kuò)增,來檢測結(jié)、直腸癌糞便樣品中c-Ki-Ras基因突變,對數(shù)據(jù)進(jìn)行泊松分布的處理。研究還提出了數(shù)字PCR的另外一個(gè)優(yōu)勢,由于糞便樣本中含有大量的PCR反應(yīng)抑制劑,通過對樣品進(jìn)行稀釋,提高了對反應(yīng)抑制劑的耐受程度。

  2003年,Devin等提出了BEAMing技術(shù),包括小珠(Bead)、乳濁液(Emulsion)、擴(kuò)增(Amplification)、磁性(Magnetic)。利用包被鏈霉親和素的磁性珠子和生物素標(biāo)記的寡核苷酸,形成微乳液,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,通過流式細(xì)胞儀檢測熒光標(biāo)記來進(jìn)行計(jì)數(shù),這個(gè)技術(shù)為以后微滴式dPCR的產(chǎn)生提供了技術(shù)依據(jù)。

  2006年,F(xiàn)luidigm公司第一個(gè)生產(chǎn)商業(yè)化的基于芯片的dPCR儀,主要包括EP1系統(tǒng)和BioMarkHD系統(tǒng)。

BioMark HD系統(tǒng)

  2009年,Life Technologies推出了OpenArray和QuantStudio 12KFlex dPCR系統(tǒng)。

QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System

  2013年,Life Technologies又推出了QuantStudio 3D dPCR系統(tǒng),采用高密度的納升流控芯片技術(shù),將樣本均勻的分配至20000個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)孔中。

QuantStudio 3D數(shù)字PCR系統(tǒng)

  2011年,Bio-Rad 公司推出了基于微滴的QX100 dPCR儀,利用油包水技術(shù),將樣品平均分配到20000個(gè)微滴油包水中,利用微滴分析儀對微滴進(jìn)行分析

  2013年,Bio-Rad公司推出在QX100基礎(chǔ)上的升級QX200 dPCR儀。

QX200 微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)

  2012年RainDance公司推出了RainDrop dPCR 儀,在高壓氣體驅(qū)動(dòng)下,將每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系分割成包含100萬至1000萬個(gè)皮升級別微滴的反應(yīng)乳液,提高了dPCR儀的檢測范圍,適于檢測濃度差異較大的樣品。

RainDrop?數(shù)字PCR(dPCR)儀

  到目前為止,dPCR的擴(kuò)增載體從多孔板、毛細(xì)管發(fā)展到目前的芯片和微滴,降低了反應(yīng)成本,提高了PCR反應(yīng)的分液數(shù)目和實(shí)驗(yàn)的靈敏度。

  2013年,Life Tech發(fā)售QuantStudioTM?3D數(shù)字PCR系統(tǒng)。不同于伯樂的微液滴數(shù)字PCR系統(tǒng),這款QuantStudioTM 3D數(shù)字PCR系統(tǒng)采用硅基材料納升微孔板芯片技術(shù)。

QuantStudioTM 3 D芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)

  2016年,Stilla Technologies推出Naica crystal微滴數(shù)字PCR系統(tǒng),旨在為專門從事分子生物學(xué)的研究機(jī)構(gòu)精確定量DNA突變。

Naica crystal微滴數(shù)字PCR系統(tǒng)

  到目前為止,dPCR的擴(kuò)增載體從多孔板、毛細(xì)管發(fā)展到目前的芯片和微滴,降低了反應(yīng)成本,PCR反應(yīng)的分液數(shù)目和實(shí)驗(yàn)的靈敏度也更高。

  參考文獻(xiàn):

  馮兆民, 舒躍龍. 數(shù)字PCR技術(shù)及其應(yīng)用進(jìn)展[J]. 病毒學(xué)報(bào), 2017(01):107-111.

 
 
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