化學(xué)生物學(xué)，起源于上世紀(jì)90年代，是一個(gè)處于化學(xué)研究和生物學(xué)研究臨界點(diǎn)的新興的交叉學(xué)科。通過先進(jìn)的化學(xué)手段，化學(xué)生物學(xué)研究為生命科學(xué)的探索提供一系列嶄新的工具和研究方式，是推動(dòng)生命科學(xué)、生物醫(yī)藥等發(fā)展的重要基礎(chǔ)，也是目前化學(xué)和生命科學(xué)研究的熱點(diǎn)領(lǐng)域。

北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院早在2001年就專門成立的化學(xué)生物學(xué)系，是國內(nèi)最早開設(shè)相關(guān)研究機(jī)構(gòu)的院系之一。以該系為核心基礎(chǔ)，北京大學(xué)于2011年成立了跨學(xué)科實(shí)體研究中心合成與功能生物分子中心(SFBC)。經(jīng)過數(shù)年的發(fā)展，SFBC已經(jīng)成為享譽(yù)國內(nèi)外的一流化學(xué)生物學(xué)中心。

近期，91儀器信息網(wǎng)特別采訪了北京大學(xué)化學(xué)分子工程學(xué)院化學(xué)生物系和合成與功能生物分子中心的特聘研究員王初。采訪期間，王初研究員為我們介紹了他的研究工作，生動(dòng)地展示了這個(gè)新興交叉學(xué)科的魅力，以及質(zhì)譜這一高精度儀器在化學(xué)生物學(xué)研究中所發(fā)揮的作用。

北京大學(xué)化學(xué)與分子工程學(xué)院化學(xué)生物系王初研究員

用化學(xué)技術(shù)揭示蛋白質(zhì)功能

如何發(fā)展和應(yīng)用化學(xué)技術(shù)探究和解決生物學(xué)問題，是化學(xué)生物學(xué)研究的大方向。圍繞這一問題，化學(xué)生物學(xué)分為很多不同的分支。王初的課題組主要關(guān)注如何通過多種跨領(lǐng)域的技術(shù)和手段，發(fā)現(xiàn)和揭示復(fù)雜生命體系中蛋白質(zhì)的新功能。王初介紹說，人類基因組計(jì)劃，將人源蛋白質(zhì)從原來已知的幾百種擴(kuò)充到龐大的兩萬種左右，而各種剪接及翻譯后修飾使得蛋白質(zhì)的形式更加復(fù)雜多樣。這些不同蛋白質(zhì)的剪接、修飾以及其在生命體中的分布，都對(duì)蛋白質(zhì)的活性和功能具有不同的影響。蛋白質(zhì)是生命現(xiàn)象的直接體現(xiàn)者，也是生命功能的主要執(zhí)行者，因此研究這些新發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)的活性與功能，將極大地促進(jìn)闡明生命在生理或病理?xiàng)l件下的變化機(jī)制，并為藥物開發(fā)及醫(yī)療手段研發(fā)提供依據(jù)。

傳統(tǒng)的蛋白組學(xué)研究，通過質(zhì)譜技術(shù)分析組織和細(xì)胞中蛋白質(zhì)的組成和含量，即偏重蛋白質(zhì)本身性質(zhì)分析。而要研究蛋白質(zhì)的功能及其變化，則需要引入更多的技術(shù)和方法，王初重點(diǎn)介紹了一種名為“基于活性的蛋白質(zhì)組學(xué)分析”的技術(shù)(Activity-based Protein Profiling, ABPP)。他舉例說到，生物體中存在很多蛋白酶，它們?cè)隗w內(nèi)經(jīng)歷著從最初沒有活性到激活再到失去活性的過程，只會(huì)在特定的時(shí)候發(fā)揮作用?！爱?dāng)?shù)鞍酌赴l(fā)揮作用的時(shí)候，從分子水平上看，它的活性催化中心一定會(huì)暴露出來。這樣我們就可以有針對(duì)性地設(shè)計(jì)一種帶有靶向反應(yīng)基團(tuán)的化學(xué)小分子——‘活性分子探針’，可以通過特定的化學(xué)反應(yīng)和與活性中心的氨基酸殘基共價(jià)連接起來?；钚苑肿犹结樀牧硪欢耸且粋€(gè)富集標(biāo)簽(例如生物素)，這樣活性分子探針就可以在蛋白酶的活性中心暴露出來發(fā)揮酶活作用的時(shí)候，在它上面添加一個(gè)小分子的標(biāo)記，再通過富集標(biāo)簽將它們從整個(gè)復(fù)雜全蛋白質(zhì)組體系中分離富集出來。進(jìn)而通過生物大分子質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行鑒定，就可以大幅提升對(duì)這些功能蛋白酶鑒定的靈敏度。通過有針對(duì)性的探針設(shè)計(jì)，我們實(shí)現(xiàn)把具有不同類型催化中心的蛋白酶都‘抓’出來，而且這些被探針捕獲的蛋白通常都是具有特定活性和功能的。” 王初說到，“我們把這種結(jié)合了化學(xué)探針標(biāo)記和生物大分子質(zhì)譜的功能蛋白質(zhì)組學(xué)研究稱為化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)。”

 這個(gè)方法推而廣之，除了識(shí)別和發(fā)現(xiàn)特定類型的蛋白酶，還可以拓展到蛋白質(zhì)翻譯后修飾以及生物活性的小分子的作用靶標(biāo)蛋白鑒定等領(lǐng)域。在這些方向，王初的課題組都做了大量的工作。例如，他們發(fā)展了蛋白質(zhì)醛基化修飾捕捉探針，揭示了該修飾在細(xì)胞鐵死亡中發(fā)揮的作用(J Am Chem Soc 2018. 140 (13), 4712-4720.);他們鑒定抗炎代謝物衣康酸在蛋白質(zhì)組內(nèi)的修飾位點(diǎn)，解析了衣康酸抗炎活性的分子機(jī)制(Nature chemical biology 2019. 15 (10), 983-991.);他們系統(tǒng)分析了內(nèi)源代謝物膽酸的結(jié)合蛋白，為研究膽酸介導(dǎo)的生物學(xué)通路提供了豐富的線索(ACS central science 2017. 3 (5), 501-509.)?！盎瘜W(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)，可以幫助我們?cè)诜浅?fù)雜的生命體的環(huán)境下，把一些低豐度的、但有很重要功能的蛋白特定富集出來，這對(duì)于基礎(chǔ)生物學(xué)研究有很大幫助?！?p>除了在基礎(chǔ)科研領(lǐng)域發(fā)揮作用，化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)在生物醫(yī)藥研發(fā)、中藥現(xiàn)代化研究中也發(fā)揮了非常重要的作用。王初提到，通過化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，其課題組鑒定了中藥黃芩中的活性分子黃芩苷的分子靶標(biāo)，揭示了該天然產(chǎn)物治療肥胖、脂肪肝及其相關(guān)代謝疾病的分子機(jī)制 (Proc Natl Acad Sci U S A 2018. 115 (26), E5896-E5905.)。

思維碰撞，催生活體蛋白質(zhì)激活技術(shù)

王初課題組另外一個(gè)重要的研究方向是計(jì)算蛋白質(zhì)組學(xué)。“蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展，離不開質(zhì)譜等儀器技術(shù)、分析方法以及計(jì)算算法的同步發(fā)展。從事質(zhì)譜，特別是組學(xué)研究的人都知道，‘計(jì)算’在其中的重要作用。”通過計(jì)算的方法，可以幫助科學(xué)家進(jìn)一步挖掘數(shù)據(jù)，同時(shí)還可以指導(dǎo)對(duì)蛋白質(zhì)新靶點(diǎn)、新功能的發(fā)現(xiàn)。王初課題組通過發(fā)展計(jì)算算法，深度掃描原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)中的特征同位素分布，極大地提高了對(duì)蛋白質(zhì)組中硒蛋白鑒定的靈敏度( ACS central science 2018. 4 (8), 960-970.)。通過機(jī)器學(xué)習(xí)和人工智能，他們課題組發(fā)展了基于蛋白質(zhì)一級(jí)序列預(yù)測蛋白質(zhì)組內(nèi)高活性半胱氨酸的計(jì)算算法(Biochemistry 2018. 57 (4), 451-460.)。最近，利用理論計(jì)算指導(dǎo)的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)，王初的課題組與北大化學(xué)學(xué)院的陳鵬教授課題組進(jìn)行了卓有成效的合作，發(fā)展了一種可以在活體內(nèi)選擇性激活目標(biāo)的蛋白質(zhì)的化學(xué)生物學(xué)新方法，相關(guān)成果2019年5月發(fā)表于國際頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《Nature》雜志上。

化學(xué)生物學(xué)除了發(fā)現(xiàn)新的活性位點(diǎn)之外，一個(gè)很重要的工作就是通過化學(xué)的方法對(duì)其功能進(jìn)行調(diào)控。陳鵬課題組在通過化學(xué)方法對(duì)蛋白質(zhì)功能進(jìn)行調(diào)控方面做了非常出色的工作，發(fā)展了一套強(qiáng)大的化學(xué)生物學(xué)工具，即可以通過基因編碼的方式，在活細(xì)胞中目標(biāo)蛋白質(zhì)的活性位點(diǎn)上插入某一種氨基酸，并在其側(cè)鏈上加入一個(gè)“籠子”，從而使其失去活性;而通過加入小分子化學(xué)物質(zhì)或者光照，使其進(jìn)一步反應(yīng)，將“籠子”脫掉，重新激活目標(biāo)蛋白。這種 “活性脫籠”策略，可以通過對(duì)催化位點(diǎn)的氨基酸的化學(xué)保護(hù)和脫保護(hù)反應(yīng)，實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白質(zhì)活性“關(guān)-開”的調(diào)控。

王初回憶，這次合作起源于一次研究生的中期考核?！爱?dāng)時(shí)我參加考核的時(shí)候，陳鵬教授的學(xué)生分享了他們?cè)诨钚悦摶\方面的工作，最后他提到，這個(gè)技術(shù)有一些限制，就是目前只能應(yīng)用在例如賴氨酸和酪氨酸少數(shù)幾種氨基酸上。而由于細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的種類繁多，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)的活性中心如果沒有這類氨基酸時(shí)，活性脫籠這個(gè)技術(shù)就發(fā)揮不了作用了。想要發(fā)展更為普適性的蛋白質(zhì)在體調(diào)控技術(shù)，就需要發(fā)展新的非天然氨基酸插入和正交脫籠技術(shù)，而這項(xiàng)工作具有非常大的挑戰(zhàn)性，還一直沒有得到突破?！笨己私Y(jié)束后，王初與陳鵬教授就該問題進(jìn)行了深入的討論，最后大家共同提出一種新的思路—— 如果不是對(duì)活性位點(diǎn)進(jìn)行直接的脫籠，而是在其它臨近的底物結(jié)合位點(diǎn)插入氨基酸，將其與底物之間的結(jié)合阻斷，同樣也能達(dá)到抑制蛋白活性的效果，而脫籠后可以將蛋白質(zhì)重新激活。該 “臨近脫籠”策略擺脫了活性位點(diǎn)必須具有特定氨基酸的限制，可以大大提高該技術(shù)的適用范圍。

蛋白質(zhì)催化位點(diǎn)臨近的結(jié)合位點(diǎn)繁多，將非天然氨基酸插入什么位置，可以獲得最好的效果?王初課題組對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行理論計(jì)算，模擬非天然氨基酸在不同位點(diǎn)插入和脫籠前后對(duì)蛋白質(zhì)活性的影響，然后將通過篩選條件的位點(diǎn)推薦給陳鵬課題組進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。由此，兩個(gè)課題組開始密切合作，將蛋白質(zhì)理論計(jì)算與“非天然氨基酸脫籠”的技術(shù)相結(jié)合，成功發(fā)展了一種普適性的蛋白質(zhì)功能在體激活新方法。王初表示，通過上述技術(shù)，我們就可以實(shí)現(xiàn)在細(xì)胞原位直接激活特定蛋白酶，從而通過蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)直接鑒定其下游酶切產(chǎn)物，對(duì)于生物學(xué)基礎(chǔ)研究具有非常大的價(jià)值。同時(shí)，該技術(shù)也可以用來激活特定的蛋白質(zhì)前藥分子，具有較好的臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用前景。他也表示，兩個(gè)團(tuán)隊(duì)的合作目前還在繼續(xù)合作，未來將會(huì)在該方法基礎(chǔ)上進(jìn)一步的擴(kuò)展?！皩?duì)于我們化學(xué)生物學(xué)家來說，更多的工作還是集中于發(fā)展技術(shù)和工具，但是我們一直希望，能夠?qū)⑦@些工具用在解決具體的生物學(xué)或者臨床醫(yī)學(xué)問題上?！?p>質(zhì)譜技術(shù)是鑒定蛋白質(zhì)的不二之選

化學(xué)生物學(xué)作為一個(gè)交叉前沿學(xué)科，其研究也離不開作為科研基礎(chǔ)工具的分析儀器。“工欲善其事，必先利其器?！被瘜W(xué)生物學(xué)的研究主要是和蛋白質(zhì)、核酸、糖和脂類等生物分子“打交道”，高精度的分析儀器，尤其是作為生物大分子定量、定性分析不二之選的質(zhì)譜儀，對(duì)于工作的開展尤為重要。

王初提到，質(zhì)譜在他的科研工作中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。2013年，他剛從國外回到北大開展獨(dú)立研究工作的第一件事，就是拿出“青年千人”啟動(dòng)經(jīng)費(fèi)的很大一部分，購買了一臺(tái)賽默飛的Q-Exactive質(zhì)譜儀，這對(duì)于他之后開展化學(xué)生物學(xué)相關(guān)研究非常關(guān)鍵。不管前面設(shè)計(jì)多少不同的探針，在最后進(jìn)行蛋白質(zhì)分析的時(shí)候，都需要使用質(zhì)譜儀來進(jìn)行。高通量、高靈敏度的質(zhì)譜，對(duì)于獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)非常重要。

王初提到，在做探針標(biāo)記的時(shí)候，不僅是標(biāo)記到特定的蛋白，而且是標(biāo)記到具體的氨基酸位點(diǎn)。因此得到探針在哪個(gè)蛋白的哪個(gè)氨基酸上發(fā)生反應(yīng)的信息，可以更好地指導(dǎo)下游藥物的設(shè)計(jì)或者蛋白質(zhì)功能的研究。對(duì)此，課題組發(fā)展新方法，利用質(zhì)譜實(shí)現(xiàn)位點(diǎn)特異性的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)的檢測。另外，他也提到，Q-Exactive這類基于Orbitrap的質(zhì)譜儀除了可以進(jìn)行高靈敏度的定性分析之外，還可以從事高精度的定量分析。通過在探針上引入同位素標(biāo)記，最終在質(zhì)譜上定量分析目標(biāo)蛋白上的同位素標(biāo)記的多少，可以反映探針與蛋白的相互作用強(qiáng)弱?！芭e例來說，藥物分子在生命體中可能會(huì)與很多蛋白相互作用，但真正起作用的是藥物分子濃度較低的時(shí)候，與它作用力最強(qiáng)的幾個(gè)蛋白。將這些結(jié)合力強(qiáng)的蛋白通過探針捕捉出來，對(duì)藥物研發(fā)非常重要。而這就需要質(zhì)譜具有很精準(zhǔn)的定量分析能力?！?p>而在最初購置了那臺(tái)Q-Exactive質(zhì)譜之后，王初課題組與合成與功能生物分子中的其他課題組開展了密切的合作，取得了多項(xiàng)重要的成果。為了滿足更進(jìn)一步的科研需求，在王初的提議下，合成與功能生物分子中心最近又陸續(xù)添置了兩臺(tái)賽默飛的Q Exactive Plus高分辨質(zhì)譜。這些新購置的質(zhì)譜儀器，對(duì)于整個(gè)中心研究團(tuán)隊(duì)科研研究的推動(dòng)非常重要?！皟x器對(duì)于科研非常關(guān)鍵，某種程度上來說，它的好壞決定了你的科研質(zhì)量?！钡峭醭跬瑫r(shí)也表示，雖然儀器是必需的，但更重要的還是要提出好的科研想法和思路，最大地發(fā)揮這些儀器的功效。同時(shí)，他還提到，國外很多科學(xué)家與質(zhì)譜儀器廠商共同合作開發(fā)新的方法或技術(shù)，這些對(duì)于質(zhì)譜廠商和科學(xué)家保持科學(xué)和技術(shù)的前沿性都是非常有必要的，而相比而言，國內(nèi)這類的合作研發(fā)工作開展的相對(duì)來說比較少。希望未來能夠看到國內(nèi)的科學(xué)家將在實(shí)際應(yīng)用積累的一些技術(shù)、經(jīng)驗(yàn)以及開發(fā)的算法等能夠更多地反饋給儀器廠商，共同完成技術(shù)的革新。

交叉學(xué)科構(gòu)建科研橋梁

交叉學(xué)科，作為連接兩個(gè)不同領(lǐng)域的橋梁，對(duì)于現(xiàn)代科研工作至關(guān)重要。隨著傳統(tǒng)學(xué)科研究的不斷深入，交叉學(xué)科將不同學(xué)科的成果跨界連接在一起，為科研創(chuàng)造出源源不斷的新的思路和想法。而化學(xué)生物學(xué)，作為銜接化學(xué)和生物醫(yī)學(xué)的新興交叉學(xué)科，日益彰顯生機(jī)勃勃的活力。

王初提到，他本科在中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)習(xí)生物學(xué)，在美國華盛頓大學(xué)攻讀博士期間，師從美國科學(xué)院院士David Baker教授做計(jì)算機(jī)輔助蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模擬與設(shè)計(jì)方面的研究，之后博士后期間又改換研究方向，在美國斯特里普斯研究所跟隨美國科學(xué)院院士Benjamin Cravatt教授從事化學(xué)生物學(xué)研究，于2013年底回到北京大學(xué)化學(xué)學(xué)院開展獨(dú)立研究工作，成為北大化學(xué)學(xué)院少有的幾位非化學(xué)出身的課題組長。他在整個(gè)“跨界交叉”的科研經(jīng)歷中，接觸和學(xué)習(xí)到了很多不同領(lǐng)域的知識(shí)，特別是此前在生物學(xué)領(lǐng)域的研究經(jīng)驗(yàn)，讓他更關(guān)注一些很重要的生物學(xué)問題。“我覺得，化學(xué)生物學(xué)發(fā)展的是化學(xué)工具和方法，但最終還是要真正落腳到解決具體的生物學(xué)、醫(yī)藥或者臨床問題，這個(gè)領(lǐng)域需要不同背景、具有交叉思維的科學(xué)家的積極參與?！?p>“從化學(xué)生物學(xué)作為一個(gè)整體學(xué)科來說，目前國家對(duì)于這樣的交叉學(xué)科的支持也十分明顯。”王初表示。例如，2018年自然科學(xué)基金委在化學(xué)部里面做了一個(gè)試點(diǎn)改革，把很多原有的基金申請(qǐng)代碼做了調(diào)整，將無機(jī)、有機(jī)、分析、物化、高分子等傳統(tǒng)方向重新調(diào)整為催化與表界面化學(xué)、化學(xué)測量學(xué)、材料化學(xué)與能源化學(xué)等科學(xué)問題為導(dǎo)向分類。在這次調(diào)整中，化學(xué)生物學(xué)獲得了一個(gè)獨(dú)立的二級(jí)學(xué)科申請(qǐng)代碼，其下又拓展劃分了蛋白質(zhì)化學(xué)生物學(xué)、核酸化學(xué)生物學(xué)、金屬化學(xué)生物學(xué)、藥物化學(xué)生物學(xué)等多個(gè)分支，充分體現(xiàn)了國家對(duì)化學(xué)和生物的交叉領(lǐng)域開展研究的強(qiáng)有力支持。

后記

在采訪的最后，王初提到，他對(duì)于跨學(xué)科的合作研究非常感興趣，不同學(xué)科背景在化學(xué)生物學(xué)的交叉大背景下，會(huì)不斷創(chuàng)造新的科研火花。他也非常歡迎具有不同學(xué)科背景的學(xué)生和博士后加入課題組，充分釋放自己的能力和思想， 一起發(fā)展新的化學(xué)方法和工具，探索生命的奧秘。前文中提到的黃芩苷的相關(guān)研究，就是畢業(yè)于上海中醫(yī)藥大學(xué)的戴建業(yè)博士在課題組做博士后時(shí)主導(dǎo)完成的工作，他本人現(xiàn)在已經(jīng)在蘭州大學(xué)藥學(xué)院開展獨(dú)立研究工作了。此外，王初課題組每周組會(huì)都有一起閱讀和討論前沿文獻(xiàn)的習(xí)慣，三年前，他的博士研究生王浩博突發(fā)奇想，提議把大家選取和整理的前沿文獻(xiàn)通過微信公眾號(hào)“王初課題組”(見下圖二維碼)分享出去，通過這種“文獻(xiàn)快閃”的方式，讓更多的人關(guān)注化學(xué)生物學(xué)的最新研究成果。在課題組所有成員不斷堅(jiān)持和努力之下，目前該公眾號(hào)成為國內(nèi)化學(xué)生物學(xué)領(lǐng)域的熱門賬號(hào)之一，截止到2019年年底，總關(guān)注數(shù)已經(jīng)超過12000人，歡迎大家持續(xù)的關(guān)注和支持。

掃碼關(guān)注“王初課題組”

正如文中所說，技術(shù)的不斷發(fā)展，為科研提供了新的“武器”。在后基因時(shí)代，多組學(xué)研究成為現(xiàn)代生命科學(xué)研究的最前沿。新的質(zhì)譜技術(shù)不斷涌現(xiàn)，加快了多組學(xué)研究的發(fā)展。 更多多組學(xué)解決方案：請(qǐng)點(diǎn)擊圖片查看。

[來源：91儀器信息網(wǎng)] 未經(jīng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載 化學(xué)生物學(xué)王初研究員專訪計(jì)算蛋白質(zhì)組學(xué)化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)