LC-MS/MS作為蛋白組學(xué)分析的主要手段，所分析的樣品分子過(guò)于微小肉眼不可見(jiàn)，需要借助色譜圖、質(zhì)譜圖判斷其表現(xiàn)，但你看到文章里的質(zhì)譜圖是否感覺(jué)迷惑不解，甚至色譜圖和質(zhì)譜圖傻傻分不清呢?文章返修編審讓補(bǔ)充的有注釋信息的二級(jí)質(zhì)譜圖究竟是個(gè)什么東東?今天小編帶你一起解密。

我們常說(shuō)的圖譜分為兩類，色譜圖與質(zhì)譜圖。色譜圖評(píng)價(jià)的是母離子在色譜上的表現(xiàn)，質(zhì)譜圖則是一級(jí)母離子和二級(jí)碎片子離子在質(zhì)譜里的信號(hào)表現(xiàn)。這里小編跟你分享一個(gè)區(qū)分兩種圖譜的秘密，那便是看橫坐標(biāo)，橫坐標(biāo)是時(shí)間軸的為色譜圖，橫坐標(biāo)是質(zhì)荷比的那就是質(zhì)譜圖了，不管色譜圖還是質(zhì)譜圖，縱坐標(biāo)都是信號(hào)強(qiáng)度!

常見(jiàn)的色譜圖有Basepeak圖、TIC圖、XIC圖;質(zhì)譜圖經(jīng)常提到的是一級(jí)質(zhì)譜圖，二級(jí)質(zhì)譜圖，b,y離子匹配圖(有注釋信息的二級(jí)質(zhì)譜圖)，下面我們逐一看過(guò)來(lái)。

【色譜圖】

Basepeak 圖：

看到上圖，做過(guò)LC-MS/MS實(shí)驗(yàn)的童鞋是不是有一種似曾相識(shí)的感覺(jué)?你肯定在哪里見(jiàn)過(guò)。

Basepeak圖是色譜分離過(guò)程中將每個(gè)時(shí)間點(diǎn)質(zhì)譜檢測(cè)信號(hào)最強(qiáng)的肽段的強(qiáng)度值連續(xù)描繪得到的圖譜。圖中峰多信號(hào)強(qiáng)說(shuō)明樣品復(fù)雜度高量也足。由于上機(jī)的樣品是蛋白質(zhì)酶解后的肽段，所以如果你要問(wèn)小編能否將鑒定到的蛋白質(zhì)在basepeak圖上標(biāo)出來(lái)，答案是不能!!!

TIC圖：

全稱為T(mén)otal ion chromatogram，即總離子流圖，相比Basepeak圖是用每個(gè)時(shí)間點(diǎn)質(zhì)譜信號(hào)強(qiáng)度最高的母離子繪制的圖譜，TIC是樣品中所有離子的色譜圖。

XIC圖：

全稱是Extracted ion chromatogram，即提取離子流色譜圖,為某個(gè)特定母離子的色譜圖，XIC圖的峰面積可以用于蛋白定量分析。

【質(zhì)譜圖】

一級(jí)質(zhì)譜圖是一次質(zhì)譜全掃描內(nèi)所有母離子的信號(hào)分布圖，二級(jí)質(zhì)譜圖是特定母離子在高能碎裂后產(chǎn)生的二級(jí)離子的信號(hào)分布圖，樣品經(jīng)質(zhì)譜鑒定后生成的質(zhì)譜文件實(shí)質(zhì)是數(shù)萬(wàn)張一級(jí)質(zhì)譜圖和二級(jí)質(zhì)譜圖的疊加。

原始二級(jí)質(zhì)譜圖，如下圖(m/z=377.54)，為實(shí)際檢測(cè)到的二級(jí)離子的質(zhì)荷比的分布圖，只有一個(gè)個(gè)孤獨(dú)的峰，代表一個(gè)個(gè)孤單的子離子，沒(méi)有歸屬，只有將其大小與宗氏族譜(理論的肽段序列碎裂后生成的二級(jí)離子分布)匹配后，方能知道其名姓(肽段序列)。匹配后的圖就是文章里提到的有注釋信息的二級(jí)圖，也叫做b,y離子匹配圖。修飾組學(xué)及一段肽的蛋白發(fā)文章時(shí)可能會(huì)被要求提供b,y離子匹配圖。

B,y離子匹配圖

將實(shí)際檢測(cè)到的二級(jí)離子的質(zhì)荷比分布與肽段序列斷裂后理論形成的子離子匹配后的圖譜。

肽段在能量作用下斷裂后會(huì)生成一個(gè)個(gè)b,y離子對(duì)。左面的碎片為b離子，右邊的碎片為y離子，以上圖為例，KTQAASVEAVK理論生成的b,y離子對(duì)為：

第一個(gè)氨基酸與第二個(gè)氨基酸中間斷開(kāi)(K|TQAASVEAVK)，則生成b1=K(從左往右數(shù)1)，y10=TQAASVEAVK(從右往左數(shù)10);

第二個(gè)與第三個(gè)氨基酸中間斷開(kāi)(KT|QAASVEAVK)，生成b2=KT,y9= QAASVEAVK;其他位置斷開(kāi)，依次類推……。

本肽段中如果第一個(gè)氨基酸K上發(fā)生了泛素化修飾(已經(jīng)標(biāo)紅)，我們應(yīng)該如何找出該位點(diǎn)被修飾的證據(jù)呢?請(qǐng)往下看。(哎哎繼續(xù)往下看，別走神兒!)

肽段碎裂后檢測(cè)的b3(KTQ),b4(KTQA)離子可能帶有修飾集團(tuán)，以b3為例，如果K上發(fā)生修飾，則b3的分子量應(yīng)該比不帶修飾的b3(KTQ)理論分子量(376.22-18.01(QA連接是脫了水的)=358.21)多一個(gè)修飾集團(tuán)glygly-的分子量(114.04)，即=358.21+114.04=472.25，而我們檢測(cè)到的b3離子的分子量剛好為472.25，說(shuō)明b3(KTQ)離子攜帶了泛素化修飾集團(tuán).因泛素化常發(fā)生在K上，推測(cè)應(yīng)為K發(fā)生了泛素化修飾。

[來(lái)源：中科新生命生物科技] 色譜圖質(zhì)譜圖二級(jí)質(zhì)譜圖