作者：Allison Yunghans，公共衛(wèi)生碩士，研究助理，Illumina核心應(yīng)用組

如今，全世界都知道了Illumina的新款測序儀——MiniSeq，它是專為那些需要簡單實(shí)惠、但功能強(qiáng)大的靶向測序方案的研究人員而設(shè)計(jì)的。不過，我試用這個(gè)小儀器已有幾個(gè)月的時(shí)間，當(dāng)時(shí)我加入了Illumina核心應(yīng)用組。我的背景是普通生物學(xué)和公共衛(wèi)生，盡管我曾經(jīng)在科研和工業(yè)實(shí)驗(yàn)室擔(dān)任研究助理，但我對(duì)新一代測序（NGS）沒有任何經(jīng)驗(yàn)。雖然掌握對(duì)工作很關(guān)鍵的技術(shù)和應(yīng)用還存在挑戰(zhàn)，但我能相對(duì)輕松地安排實(shí)驗(yàn)并運(yùn)行。從指導(dǎo)運(yùn)行設(shè)置到數(shù)據(jù)分析的功能，自始至終，MiniSeq都在為我這樣的NGS新手用戶而考慮。

我的職責(zé)之一是支持Illumina的文庫制備產(chǎn)品，包括TruSeq? Targeted RNA，一種對(duì)幾十至幾千個(gè)基因同時(shí)進(jìn)行表達(dá)譜分析的擴(kuò)增子方法。在文庫制備之后，我將在MiSeq?上測序我的文庫，并在BaseSpace?上分析數(shù)據(jù)，MiSeq是近幾年Illumina主力的桌上型測序系統(tǒng)。盡管MiSeq系統(tǒng)是用戶友好的，但是當(dāng)我開始使用MiniSeq時(shí)，我還是驚訝地發(fā)現(xiàn)了更多簡單和有用的功能，它們來自MiSeq和NextSeq?系統(tǒng)的最佳創(chuàng)意組合。MiniSeq流動(dòng)槽是干燥包裝的，這節(jié)省了MiSeq流動(dòng)槽因?yàn)橐簯B(tài)運(yùn)輸所需的準(zhǔn)備時(shí)間。MiniSeq一體化試劑盒的設(shè)計(jì)節(jié)省了實(shí)驗(yàn)所需的時(shí)間和空間。MiniSeq的進(jìn)一步改進(jìn)包括，試劑盒是全包的，含有全部洗滌液，因此不需要在每次運(yùn)行時(shí)購買和識(shí)別不同的緩沖液和部件。同時(shí)，MiniSeq是Illumina臺(tái)式測序系統(tǒng)中占地面積最小的，只有18 x 19英寸，將更多實(shí)驗(yàn)室臺(tái)面上空間留給其他任務(wù)。

MiniSeq運(yùn)行所需的設(shè)置時(shí)間極少；最終的文庫準(zhǔn)備只需要不到10分鐘。儀器設(shè)置簡單至極，屏幕上一步一步的動(dòng)畫指引我完成上樣試劑盒和流動(dòng)槽的過程。經(jīng)過一些系統(tǒng)檢查，儀器就可以開始運(yùn)行了。MiniSeq在大約24小時(shí)內(nèi)即可完成2 x 150 bp的測序運(yùn)行，使得計(jì)劃第二天下一次運(yùn)行更加容易。儀器還顯示了運(yùn)行大約在什么時(shí)候完成。

圖1：運(yùn)行過程中MiniSeq控制軟件的截屏，它顯示了預(yù)計(jì)的完成時(shí)間。

當(dāng)運(yùn)行完成時(shí)，MiniSeq直接進(jìn)入洗滌過程，像NextSeq一樣，因此直到計(jì)劃下一次運(yùn)行才需要回到儀器邊。MiniSeq系統(tǒng)也有在運(yùn)行后自動(dòng)將試劑盒中的所有試劑清理到廢液瓶中的選項(xiàng)，協(xié)助安全處理用過的試劑盒。

與Illumina其他的測序系統(tǒng)一樣，MiniSeq與BaseSpace完全兼容。不過MiniSeq最棒的地方在于：此系統(tǒng)內(nèi)置Illumina新的Local Run Manager軟件。這個(gè)儀器上的軟件追蹤運(yùn)行，并自動(dòng)開展數(shù)據(jù)分析。我曾以為所有的NGS分析都絕對(duì)需要大型的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或BaseSpace這樣的云端分析環(huán)境（你仍然可以使用這些來分析），但Local Run Manager不同– 所有分析都在MiniSeq上自動(dòng)完成。

通過Local Run Manager來設(shè)置運(yùn)行非常簡單，可以通過標(biāo)準(zhǔn)的網(wǎng)頁瀏覽器來操作。第一步是選擇預(yù)先設(shè)定好的應(yīng)用。Local Run Manager可以選擇一個(gè)預(yù)定義的模板來作為你的模板，以方便設(shè)置所需的讀長和樣品索引，并輸入樣品信息。

圖2：Local Run Manager上的TruSeq Targeted RNA運(yùn)行設(shè)置

我喜歡在設(shè)置界面剪切和粘貼文庫和樣品信息，或?qū)牒唵文０暹@樣的功能。Local Run Manager運(yùn)行模板還可以讓你選擇分析的選項(xiàng)。在設(shè)置運(yùn)行并完成后，Local Run Manager將自動(dòng)開展分析，并生成報(bào)告，總結(jié)運(yùn)行的測序結(jié)果。

圖中顯示了一些結(jié)果，是利用Local Run Manager Targeted RNA流程分析我的Targeted RNA文庫所產(chǎn)生的。同樣，這一切都在MiniSeq儀器上完成– 不需要大型計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或連接到云端。對(duì)于那些不使用云計(jì)算的實(shí)驗(yàn)室，或作為生物信息學(xué)家開展更廣泛分析之前的第一輪自動(dòng)分析，這的確是一個(gè)很大的好處。

圖3：Local Run Manager中顯示的TruSeq Targeted RNA結(jié)果。曲線和表格顯示了人腦參考RNA（HBRR）的兩個(gè)技術(shù)重復(fù)之間的基因表達(dá)計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)。表格中選中的EGFR基因突出顯示了散點(diǎn)圖中的特定數(shù)據(jù)點(diǎn)（紅色）。

我很享受與Illumina的團(tuán)隊(duì)一起工作，為MiniSeq和Local Run Manager賦予生命。我想，那些一直想著手NGS但又擔(dān)心設(shè)備太過復(fù)雜或沒有足夠的IT和生物信息學(xué)支持的研究人員，將會(huì)驚喜地看到MiniSeq在你手中的表現(xiàn)。