激光共聚焦顯微鏡有激發(fā)針孔和探測(cè)針孔，激發(fā)針孔和探測(cè)針孔共軛(共焦)，共焦點(diǎn)即被探測(cè)點(diǎn)，被探測(cè)點(diǎn)所在的平面為共焦平面。  激發(fā)光經(jīng)激發(fā)針孔后成為點(diǎn)光源，然后通過二色鏡反射和物鏡聚焦點(diǎn)狀照射在樣品上，樣品被激發(fā)產(chǎn)生的發(fā)射光經(jīng)同一物鏡，聚焦在探測(cè)針孔。探測(cè)針孔后面是光電倍增管，非焦平面的光就不能通過針孔(pinhole)被光電倍增管檢測(cè)。
  激光共聚焦顯微鏡的針孔(Confocal pinhole)一般指探測(cè)針孔(detection pinhole)，Confocal pinhole的直徑一般自動(dòng)設(shè)置成和艾里斑(airy disc)直徑一致。
  艾里斑是點(diǎn)光源通過理想透鏡成像時(shí)，由于衍射而在焦點(diǎn)處形成的光斑。中央是明亮的圓斑，周圍有一組較弱的明暗相間的同心環(huán)狀條紋，把其中以一暗環(huán)為界限的中央亮斑稱作艾里斑。
  激光共聚焦顯微鏡的針孔和艾里斑的直徑大小一樣，將有84%的聚焦光到達(dá)光電倍增管，圖像的信噪比好。Confocal是逐點(diǎn)激發(fā)和逐點(diǎn)檢測(cè)，因此有更窄的點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)(Point spread function， PSF.
  Confocal側(cè)向分辨率高于一般的光學(xué)顯微鏡，r(lateral)=0.61 exc/NA(obj)，物鏡的軸向分辨率不如側(cè)向分辨率，r(axial)=1.4 exc n/NA(obj)2
  小的針孔將有更好的Z軸分辨率，但需更強(qiáng)的信號(hào)。
  激光共聚焦顯微鏡優(yōu)點(diǎn)
  1、以激光為光源，在相應(yīng)的熒光探針標(biāo)記后，對(duì)樣本進(jìn)行逐點(diǎn)掃描，逐層獲得二維光學(xué)橫斷面圖像，具有 細(xì)胞CT 的功能，并可通過計(jì)算機(jī)三維重建軟件支持，獲得三維圖像，并可以任意角度旋轉(zhuǎn)，觀察細(xì)胞，組織立體形態(tài)和空間關(guān)系;
  2、可以對(duì)活細(xì)胞和組織進(jìn)行無損傷的觀察，動(dòng)態(tài)測(cè)量細(xì)胞內(nèi)的Ca離子濃度和pH值等活細(xì)胞生理信息;
  3、可對(duì)細(xì)胞膜的流動(dòng)性，細(xì)胞間通訊，細(xì)胞融合，細(xì)胞骨架彈性測(cè)量等，可用作 光刀子 完成細(xì)胞內(nèi) 外科手術(shù) 。這一技術(shù)可以對(duì)活細(xì)胞和組織進(jìn)行原位動(dòng)態(tài)定量的觀察和測(cè)量。